厭氧反應器中有時(shí)會(huì )產(chǎn)生大量泡沫，泡沫呈半液半固狀，嚴重時(shí)可充滿(mǎn)氣相空間并帶入沼氣管道，導致沼氣系統的運行困難。
　　產(chǎn)生泡沫的主要原因是厭氧系統運行不穩定，因為泡沫主要是由于CO2產(chǎn)量太大形成的，當反應器內溫度波動(dòng)或負荷發(fā)生突變等情況發(fā)生時(shí)，均可導致系統運行的不穩定和CO2的產(chǎn)量增加，進(jìn)而導致泡沫的產(chǎn)生。如果將運行不穩定因素及時(shí)排除，泡沫現象一般也會(huì )隨之消失。在厭氧污泥培養初期，由于CO2產(chǎn)量大而甲烷產(chǎn)量少，也會(huì )出現泡沫，隨著(zhù)甲烷菌的培養成熟，CO2產(chǎn)量減少，泡沫一般也會(huì )逐漸消失。進(jìn)水中含有蛋白質(zhì)是產(chǎn)生泡沫的一個(gè)原因，而微生物本身新陳代謝過(guò)程中產(chǎn)生的一些中間產(chǎn)物也會(huì )降低水的表面張力而生成氣泡。厭氧生物處理過(guò)程中大量產(chǎn)氣會(huì )產(chǎn)生類(lèi)似好氧處理的曝氣作用而形成氣泡問(wèn)題，負荷突然升高所帶來(lái)的產(chǎn)氣量突然增加也可能出現泡沫問(wèn)題。
　　碳酸鈣（CaCO3）沉淀：處理廢水鈣含量高或利用石灰補充堿度，都會(huì )增加產(chǎn)生碳酸鈣沉淀的可能性。高濃度的碳酸氫鹽和磷酸鹽都有利于鈣的沉淀。
　　鳥(niǎo)糞石（MgNH4PO4）沉淀：進(jìn)水中含有較高濃度的溶解性正磷酸鹽、氨氮和 鎂離子時(shí)，就會(huì )生成鳥(niǎo)糞石沉淀。厭氧處理系統鳥(niǎo)糞石沉淀主要在管道彎頭、水泵入口和二沉池進(jìn)出口等處出現。